儿童孤独症（自闭症）不是由一般的单一原因造成的，而是多原因多因素引起的一组障碍症候群。很多人会认为，儿童孤独症可能跟环境、父母养育问题、营养不良或者社交剥夺等因素相关，其实不然。目前的研究表明，引起自闭症的危险因素可以归纳为：遗传、感染与免疫和孕期理化因子刺激。尚未报道过后天形成自闭症的案例。当然也不是别阶层、血缘、种族的问题。
导致儿童孤独症的主要因素有以下几种：
1遗传因素：据调查表明孤独症患儿的患病与遗传因素有关，如果患儿的父母曾患有孤独症，其孩子患孤独症的概率在50%左右，同卵双胞胎如果其中一人患有孤独症，那么另一人患孤独症的概率在85%以上。专家认为，遗传因素是造成孤独症主要原因，某些人在出生时便带有发展孤独症倾向的体质，有可能受“诱因”刺激从而演变为孤独症。
2脑器质性损害：孩子在胚胎期母体受到刺激或是创伤，会对孩子的脑神经产生一定的伤害，破坏脑组织。这些都会使孩子患上神经性质的综合征，并对孩子以后的发展非常不利。
3免疫功能异常：人体免疫功能是十分重要的组成部分，孩子在受到损伤时，具有免疫功能的淋巴细胞数量会减少，抵抗感染的功能也会下降。据研究调查表明，孤独症患儿的身体免疫力普遍低于正常的同龄儿童，体质较差。
4神经递质因素：儿童的行为与神经递质密切相关，研究调查中显示，中枢神经系统5-羟色胺和（或）多巴胺活性下降是导致孤独症的关键性因素。神经递质的异常会使患儿表现出孤独以及和周围人建立不起来和谐的关系。患儿会存在语言和认知上的障碍，极力避免与人的视线接触。
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