高密度染色体芯片(CMA)已经被推荐为自闭症首选的诊断方法,随着高通量也被大规模应用到自闭症基因研究中,也已经发现了大量的自闭症相关的基因。目前,高密度染色体芯片检测结合全外显子组测序(WES)已经被应用于自闭症临床相关基因的检测中,并显示出较高的检出率。
我们前期的一万份自闭症基因组研究工作,基于核心家系(患者及其父母)的全基因组测序已经发现可在接近一半(16/32)的家系中检测到自闭症临床相关的突变[Ref1]。
本研究中,进行了高密度染色体芯片并结合全外显子组测序进行自闭症基因筛查的尝试,基于我们自主开发的分型流程,见下图,
图1.找寻自闭症临床相关变异的流程图。参考基于新发突变的分析,并结合SFARI数据库(国际知名自闭症基因数据库),人类表型本体(HPO),蛋白功能改变评估工具等
该案例中,我们系统评估了一个自闭症三口之家的全基因水平染色体异常和基因突变情况。具体结果见下图
图2全面自闭症基因筛查找寻临床相关变异案例。患者(箭头指向)检测到SCN9A基因的2个复合杂合突变p.Q10R(SCN9A蛋白第10位的谷氨酰胺突变为精氨酸)和p.RH(SCN9A蛋白第位的精氨酸突变为组氨酸),其中SCN9A基因的p.Q10R突变遗传自父亲和爷爷,SCN9A基因的p.RH遗传自母亲和外公。
我们发现,染色体芯片没有检测到有临床意义的染色体异常,不过,我们发现并Sanger测序验证了临床相关的遗传的复合杂合突变SCN9A(p.Q10R和p.RH)。
SCN9A之前被报道为疼痛敏感相关,有获批的治疗性的药物,自闭症患者表现为一定程度的感觉敏感,后续可能需要进一步评估该自闭症患者是否可以从该药物中获益。
英马诺生物长期致力于自闭症遗传基因的研究工作,力争于从遗传基因和肠道微生物等多个水平联合开展研究,以寻找自闭症相关的生物标志物,为自闭症诊断和治疗提供新的思路。目前已经建立了自闭症遗传资源和肠道微生物样本库,并和全世界关爱自闭症的科研工作者和临床工作者建立了密切的联系,以共同破解自闭症的难题。
据悉,JPBS(JournalofPsychiatryandBrainScience,国际精神病和脑科学杂志)年创办,医院精神科陈晓岗教授和原国际精神病协会主席ElliotS.Gershon担任联合主编,美国伊州大学的刘春宇教授担任副主编,定位为具有国际发言权并在精神与脑科学领域具有重要地位的期刊。
参考文献
1.JiangYH#,YuenRK#,JinX#,WangM#,ChenN,WuX,JuJ,MeiJ,ShiY,HeM,WangG,LiangJ,WangZ,CaoD,CarterMT,ChryslerC,DrmicIE,HoweJL,LauL,MarshallCR,MericoD,NalpathamkalamT,ThiruvahindrapuramB,ThompsonA,UddinM,WalkerS,LuoJ,AnagnostouE,ZwaigenbaumL,RingRH,WangJ,LajonchereC,WangJ,ShihA,SzatmariP,YangH,DawsonG,LiY,SchererSW.Detectionofclinicallyrelevantgeneticvariantsinautismspectrumdisorderbywhole-genomesequencing.AmJHumGenet;93(2):-.
2.JiaxiuZhou#,FengYang#,XiaogeLi#,ShaomingZhou,FushengHe,JingwenLiang,YanWang,MingbangWang*,XuR*.WholeExomeSequencingRevealedClinicalRelevantVariantsinAFamilyAffectedwithAutismSpectrumDisorder.JournalofPsychiatryandBrainScience;1(4):3.JPBS杂志北京治白癜风效果好的医院辽宁治疗白癜风医院
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